不是核武器，没有陨石坑，通古斯大爆炸的原因百年来众说纷纭，最具神秘色彩的猜测是与尼古拉 · 特斯拉的远距离输电实验有关，此外还有大量与外星飞船或外星探测有关的假说，有人认为是外星人通过通古斯大爆炸为地球解决了一次不明的灾难。
科学界才普遍接受了这个观点：1908 年，一颗巨大陨星坠入地球，在通古斯流域大约离地 6 至 10 公里上空爆炸。如果这个物体再迟 4 小时 37 分撞击地球，那么这场爆炸将摧毁当时俄罗斯帝国的首都圣彼得堡，而不是人口稀少的通古斯地区，造成更大的人员伤亡。
直到 2013 年类似的俄罗斯乌拉尔陨石雨事件发生：比太阳还要明亮的火球，巨大的音爆，以及天空中留下长长的烟雾轨迹都与通古斯卡巴大爆炸当时的记录相符，只是在通古斯卡上空燃烧爆炸的陨石显然要比 2013 年的大得多。通常情况下，只要不是铁陨石，即使重量达到数百万公吨的石质流星体或像彗星这样的冰雪球或小行星，在撞击并坠入地球大气层时，依然会被破坏而不会在地面上留下撞击坑。虽然这种瓦解的事件很罕见，它们会造成极其强烈的振荡，比如上文的通古斯大爆炸。
之后调查研究显示，通古斯土壤中含有硅酸盐和磁铁矿，它们含有较高的镍成分。这项分析暗示着通古斯爆炸与小行星流星体有关，当它们穿过地球大气层时瓦解成碎片。从某种程度上讲，通古斯爆炸事件仍是一个谜团，科学家仍在继续探寻其根源，目前多数观点倾向认为是一颗较大的宇宙天体进入地球大气层，最终碰撞在通古斯地区。
