金约柜被当做耶路撒冷的珍宝，然而有关它的下落，可谓众说纷纭，千百年来它似乎也成了一门独特的学问。许多人认为失落的约柜是公元前587年或前586年在巴比伦人攻占和夷平耶路撒冷时被毁的。还有一种说法是，金约柜注定要返回圣殿山，将被安放在一座新建神殿的至尊堂里。新的神殿将在弥赛亚时期建成，并以此昭示天地。
最近的一种理论是说：当罗马人在公元70年将第二座神殿焚之一炬时，人们通过暗道把金约柜抢救了出来。地道大约30千米长，一直通向东边的库姆兰附近，现在金约柜仍然埋在库姆兰。有一种流传甚久的传说，那就是，金约柜安放在神殿中之后，就被所罗门国王与示巴王后所生的儿子窃走，带回了埃塞俄比亚。
埃塞俄比亚的法拉沙人声称，自己是当年护送金约柜到达埃塞俄比亚的犹太人后裔。该国君主传统的头衔之一就是“犹太雄狮”，历史悠久的埃塞俄比亚皇家都自称是大卫王和所罗门王的后代。埃塞俄比亚教会也宣称，几百年来金约柜一直封存于该教会。关于失落的约柜到底在哪里，无人知晓。
