始皇陵以水银为江河大海的记载见于《史记》，《汉书》中也有类似的文字。然而，陵墓中究竟有没有水银始终是秦始皇陵墓15大惊天之谜。现代科技的发展为验证秦陵地宫埋水银这一千古悬案提供了必要的前题条件。地质学专家常勇、李同先生先后两次来始皇陵采样。经过反复测试，发现始皇陵封土土壤样品中果然出现“汞异常”。相反其它地方的土壤样品几乎没有汞含量。科学家由此得出初步结论：《史记》中关于始皇陵中埋藏大量汞的记载是可靠的。
据最新考古勘探资料表明：秦陵地宫东西实际长260米，南北实际长160米，总面积41，600平方米。秦陵地宫是秦汉时期规模最大的地宫，其规模相当于5个国际足球场。假定地宫挖至1000米，它超过了陵墓位置与北测渭河之间的落差。那样不仅地宫之水难以排出，甚至会造成渭河之水倒灌秦陵地宫的危险。
考古人员在清理兵马俑坑时发现，一、二号坑中有很多火烧的痕迹，陵区有大面积的火烧土分布，同样考古人员在对秦陵陪葬坑的挖掘中也发现了大量火烧土和残余焦木，坑中的棚木基本上都被化为灰烬。究竟是谁对兵马俑坑进行了如此巨大的破坏?兵马俑被焚也是秦始皇陵墓15大惊天之谜。
在秦末乱世，秦始皇兵马俑军团原型的秦京师军下落不明。这个问题不仅涉及到兵马俑军团性质，也涉及到整个帝国秦军的动向，甚至牵涉到秦帝国的灭亡、楚霸王的失败和汉帝国的胜利等诸多问题。据野史记载，曾经击垮了秦帝国的楚霸王项羽，最后却死于“兵马俑”之手。最后在乌江边斩杀项羽的5位骑兵将士，都是关中地区出身的秦人，也都是旧秦军将士，都是秦兵马俑的原型。
