中国考古界权威、原中国考古学会理事长徐苹芳先生对曹操墓提出了质疑，称在曹操墓发掘一珠，价值达千万，而当天挖出的两颗珠子，加上此前的盗墓，可以推证这样的墓或许并非薄葬，并不符合曹操临终前薄葬的要求。
一位质疑者表示：“2号墓之前说已经发掘完毕，但通过直播可以看到12日出土的文物都是在扰土中，连扰土都未清理完毕，怎么可以说是发掘完毕?这到底是不想挖完，还是生怕挖下去会出现不利于断定为曹操墓的证据?”
有人认为曹操墓里面肯定掺杂了地方利益，有学术与利益“挂钩”，而且是明摆着的。据说当时安阳现在把所有力量都动员起来了，让人们认为完全是利益在驱动。甚至有人计算出了这一发现能给当地带来4个亿的财政收入。
当然一个曹操墓能给当地带来4个多亿的说法没有什么依据，也不知道是怎么算出来的。目前总体规划还没有出来，容纳量等各种数据也没有计算出来，怎么就能算出4个多亿?考古是个学术问题，不能掺杂其他利益在里面。
虽然关于曹操墓的真假一直都有讨论，一直都有人在提出质疑，但是在发掘考察和考证史料后，已经认定了这座墓的墓主人就是曹操。
并且考古学家给出了六大证据：
一、这个规格是侯王级別，甚至在其之上。从墓室结构来看，参考一些东汉的诸侯王墓(如刘畅)或曹休，是汉魏时期的。而且沒有西晉以后才有的单墓室四璧带一定孤度的砖室墓。其墓室开口也是在汉代文化层，而不是魏晋南北朝地层。
二、內里出土的陶器、玉觽、透雕虎都是典型的东汉器物，煤精虎雕在其腹部靠下有一个横穿圆孔，在东汉以后再沒有这种穿法。也有出土魏武王常所用的石牌，并不是全从盗墓者手中收回。
三、出土的大型金错铁镜是王以上的器物、出土石牌记有輴车和十二个陶鼎与圭璧组合，是天子礼仪的规格。
四、结合《水经注》、《元和郡县图志》描述的邺城与西门豹词遗跡，再加上1998出土的鲁潜墓志，其方位与曹操墓吻合。
五、其男性头骨是一名六十岁左右的，与曹操极其吻合。
六、以魏武王称曹操，可见于《华阳国志刘先主志》和《水经注》卷九;曹操葬于高陵时，曹丕尚未代汉，如果石碑记作魏武帝才有问题。
而中国考古学家许永杰更是在《漫谈历史时期考古学的方法》一文中做出了详细的解释，文章中说得很明白，以现有的考古学材料，推断墓主为曹操的可能性最大。
