判决书所定之集体屠杀19万人及零星屠杀15万人，系根据身历其境之1250余人，及当时主持掩埋尸体之许传音、周一渔、刘德才、盛世徵等具结证明。具有红十字会掩埋尸体43071具，崇善堂收埋尸体112266具之统计表;灵谷寺无主孤魂3000余具之碑文;及谷寿夫在法庭上犹洋洋自得叙述其以丛葬方式集中掩埋之“万人坑”五处所起出之头颅数千具;并有众多的出版物和照片为物证。
统计人数并不完善其实，中国政府检察官陈光虞根据十四个团体的调查，于1946年5月向远东国际军事法庭提出的“南京大屠杀”确定的被屠杀者294911人，未确定的被屠杀者20万人。同年九月，陈氏根据继续收到的确实资料，又增列被屠杀者96260人，故确定被屠者应为391171人。
东京审判对“南京大屠杀”颇为重视，听取来自中国亲历目睹的中外证人十余人(包括贝德士、梅奇、威尔逊医生、许传音、伍长德、粱延芳、秦德纯等)的口头证言并接受了百余件书面证词，最后作出慎重的保守的判决∶“在日军占领后最初六个星期内，南京及其附近被屠杀的平民和俘虏，总数达20万以上。
这种估计并不夸张，这由掩埋队及其他团体所埋尸体达15.5万人的事实就可以证明了。这个数字还没有将被日军所烧弃了的尸体，投入到长江，或以其他方法处理的尸体在内。”
